در سال ۱۹۹۴، بکر به همراه دوستان فیلمسازش تام تیکور و دنی لوی و تهیه‌کننده اشتفان آرنت، شرکت تولید فیلم برلین به نام «ایکس فیلم» را تأسیس کرد.اولین فیلم بلند بکر برای این شرکت، «زندگی یک کارگاه ساختمانی است» (۱۹۹۷) که به موفقیت تجاری بزرگی دست یافت. این فیلم در جشنواره فیلم برلین به نمایش درآمد و سه جایزه کسب کرد. کمپانی «ایکس فیلم» نقش مهمی در احیای سینمای آلمان در اواخر دهه ۱۹۹۰ و اوایل دهه ۲۰۰۰ داشت و فیلم‌هایی مانند «بدو لولا بدو» (۱۹۹۸) از تام تیکور و  «برو دنبال زوکر!» (۲۰۰۴) ساخته دنی لوی از آثار برجسته این دوره بودند.

اما بزرگ‌ترین موفقیت آلمانی این شرکت فیلم بعدی بکر بود: «خداحافظ لنین!». این کمدی-درام داستان زنی به نام کاترین ساس را روایت می‌کند که یک سوسیالیست وفادار با قلبی ضعیف است و در اکتبر ۱۹۸۹، درست قبل از سقوط دیوار برلین، به کما می‌رود. او دوران اتحاد مجدد آلمان را در خواب سپری می‌کند و وقتی بیدار می‌شود، پسرش (برول) برای جلوگیری از شوک کشنده، حقیقت را از او پنهان می‌کند. او نقشه‌ای پیچیده می‌کشد که شامل بسته‌بندی مجدد غذاهای غربی در ظروف قدیمی آلمان شرقی و ضبط اخبار جعلی توسط یک دوست می‌شود تا مادرش را قانع کند که هیچ تغییری رخ نداده است.

این فیلم در آلمان و خارج از آن موفقیتی عظیم داشت، به بیش از ۶۰ کشور فروخته شد و حدود ۸۰ میلیون دلار درآمد کسب کرد و جوایز متعددی از جمله ۹ جایزه لولا در جوایز فیلم آلمان و ۶ جایزه در جوایز فیلم اروپا، از جمله بهترین فیلم، به دست آورد. همچنین جوایزی از جشنواره‌های فرانسه (سزار)، اسپانیا (گویا) و ایتالیا (دیوید دی دوناتلو) دریافت کرد و نامزد جایزه بفتا و گلدن گلوب برای بهترین فیلم بین‌المللی شد.

به گزارش هالیوود ریپورتر، بکر مدتی پیش از مرگ، آخرین فیلم خود با عنوان «قهرمان ایستگاه فردریش‌اشتراسه» را به پایان رساند. این فیلم درام واقعی درباره یک راه‌آهن‌بان آلمان شرقی بود که به بیش از ۱۰۰ نفر کمک کرد از طریق ایستگاه او در برلین شرقی از جمهوری دموکراتیک آلمان فرار کنند.ولفگانگ بکر علاوه بر فعالیتش به‌عنوان نویسنده و کارگردان، در آکادمی فیلم و تلویزیون آلمان در برلین، آکادمی فیلم بادن-وورتمبرگ و آکادمی هنرهای رسانه‌ای کلن تدریس می‌کرد.