داستان فیلم از این قرار است: پدر روحانی گابریل آمورث که جن‌گیر شخص پاپ است مثل سایر پدران روحانی نیست. او شوخ‌طبع، موتوارسوار، عمل‌گرا و بی‌توجه به سلسله‌مراتب کلیساست. گابریل بعد از انجام یک مراسم جن‌گیری در روستایی در ایتالیا از طرف تعدادی از مقامات کلیسا مورد مؤاخذه قرار می گیرد، چراکه برای انجام این کار از کلیسا اجازه نداشته است.

اما خود پاپ به گابریل ماموریت می دهد که برای انجام مراسم جن‌گیری به کلیسایی واقع در اسپانیا برود و به فرزند جن‌زده خانواده‌ای که به تازگی از امریکا به این کلیسا نقل مکان کرده کمک کند. گابریل به اسپانیا می‌رود و با هنری، پسر کوچک خانواده که جن در کالبدش حلول کرده، مواجه می‌شود. از هنگام ورود گابریل به کلیسا، اوضاع مدام بدتر می‌شود و شیطانی که در جسم هنری لانه کرده، بیشتر قدرت می‌گیرد و بر سر خواهر و مادر هنری و همین‌طور گابریل و اسکویبل، کشیش اسپانیایی جوانی که او را یاری می‌دهد، بلا می‌ریزد. اهریمن از ضعف‌های اخلاقی و گناهانی که آمورث و کشیش جوان در گذشته مرتکب شده‌اند استفاده می‌کند تا آنها را به زانو درآورد. در نهایت گابریل به نام شیطان که برای شکست دادن او لازم است، پی می‌برد و با کمک کشیش جوان او را نابود می‌کند.

«جن‌گیر پاپ» دو دسته از طرفداران سینما را راضی می‌کند: اول، طرفداران راسل کرو که در قامت یک کشیش ظاهر شده و شاید حتی دوستدارانش هم فکر نمی‌کردند بازیگر «گلادیاتور» (ریدلی اسکات، ۲۰۰۰)، «ذهن زیبا» (ران هاوارد، ۲۰۰۱) و «مرد سیندرلایی» (ران هاوارد، ۲۰۰۵) مناسب چنین نقشی باشد، ‌ولی کرو تقریبا از پس نقش برآمده و دوم، طرفداران فیلم‌های ترسناک که بیش از منطق دراماتیک و خط و ربط داستانی به دنبال هیجان ناشی از لحظه‌ای ترسناک و تماشای شیوه‌هایی هستند که جن‌گیر و جن/ اهریمن برای مبارزه با هم به کار می‌برند.

معمولا فیلم‌های جن‌گیری بر نحوه فائق آمدن جن‌گیر بر شیطان تمرکز می‌کنند و در اینجا نیز گابریل برای غلبه بر شیطان اول باید با گناهان خودش روبه‌رو شود تا بعد بتواند شیطان را شکست دهد. در واقع آمورث و اسکویبل اول باید خودشان را ببخشند و از شر احساس گناهی که گریبان‌شان را گرفته راحت شوند تا بتوانند بر شیطان فائق آیند. قدرت اهریمن در احساس گناه آمورث و اسکویبل و خودخوری ناشی از آن است. آنها در باطن‌شان فکر می‌کنند که به دلیل گناهان‌شان لیاقت مبارزه با شیطان و نجات پسر تسخیرشده را ندارند، ولی وقتی می‌توانند خودشان را ببخشند، راه‌ مبارزه با اهریمن را پیدا می‌کنند.

فیلم سعی می‌کند با گناهکار نشان دادن پدران روحانی آنها را از آسمان به زمین بیاورد و مقام معنوی شامخی را که از سوی کلیسا به آنها اعطا شده به چالش بکشد، با این هدف که نشان دهد خصایل انسانی و عاطفی این قشر در زمانه کنونی بیش از رسالت دینی‌شان گره از کار جهان باز خواهد کرد. در واقع فیلم پدران روحانی را نه به واسطه جایگاه دینی‌شان بلکه از طریق ویژگی‌ها و خصوصیات انسانی‌شان ستایش می‌کند.لحظات ترسناک فیلم برای تماشاگران حرفه‌ای ژانر ترسناک چیز دندان‌گیری ندارد، اما بیننده‌های کمتر حرفه‌ای را احتمالا راضی می‌کند.