بر اساس اطلاعات مختلف و کتیبه‌هایی موجود می‌توان دریافت که سال احداث این بنا به سال ۵۴۲ هجری قمری در دوره سلجوقیان است. دستور ساخت آن را عبدالعزیز بی محمود بن سعد (حاکم آذربایجان) داد و فرآیند ساخت گنبد زیر نظر محسن معمار انجام شد. در حال حاضر علی‌رغم وجود کتیبه‌های خوانا، شخص مدفون در گنبد سرخ هنوز شناسایی نشده.

با وجود اهمیت این بنا به لحاظ تاریخی و معماری و تزیینات، مدتی است نم زدگی در بنا کاملا مشهود است. تقریبا یک پنجم بدنه اصلی بنا از هر چهار ضلع رطوبت زده و این نم‌زدگی در بخش‌های بالایی و پایینی بنا دیده می‌شود.
جواد محرم پور (رئیس اداره میراث‌فرهنگی، گردشگری و صنایع‌دستی شهرستان مراغه) درخصوص نم‌زدگی گنبد سرخ گفت: این مجموعه دارای انبار است که آب در آن جمع می‌شود و البته برگشت پذیر است به این معنا که آب در آن انبار ذخیره و بعد دوباره مصرف می‌شود. گویا طی سال اخیر به دلیل انداختن سنگی بزرگ درون انبار، حوضچه آن با وجود داشتن ایزوگام ترک برداشته و آب به بخش زیرین گنبد نفوذ کرده. او ادامه داد: حدود هشت ماه پیش این اتقاق افتاد و رطوبت نفوذ کرده است. میراث نیز با شهرداری مکاتبات لازم جهت مرمت بنا را انجام داده است تا تعمیرات لازم انجام و رطوبت ازبین برود.

محرم پور درخصوص مرمت گنبد سرخ نیز گفت: درحال حاضر این مجموعه نیازی به مرمت ندارد و فقط باید جلوی نفوذ رطوبت را گرفت. آن هم شهرداری اقدام خواهد کرد.  او درخصوص وضعیت سنگهای پی بنا و خوردگی که در آنها دیده می‌شود نیز گفت: تا چندی پیش فقط بخشی از سنگهای پایینی بنا  از خاک بیرون بود و به تازگی حدود دو متر از بخش زیرین از خاک بیرون آورده شده. این خوردگی‌ها از آن جهت است که این بخش سالها زیر خاک بود. 

رئیس اداره میراث‌ و گردشگری مراغه همچنین در خصوص آثار دوده در بدنه داخلی بنا که نشان از روشن کردن آتش دارد، گفت: گنبد سرخ از جمله‌هایی است که قبل از آنکه به شهرداری تحویل داده شود نگهبان نداشت و افرادی ازجمله معتادان و بی‌خانمان در این مجموعه آتش روشن می‌کردند. اکنون چند سال است که محوطه ساماندهی شده و از ورود این افراد ممانعت می‌شود. در  نظرداریم تا زیر نظر کارشناسان میراث این بخش پاکسازی شود. یادگاری‌نویسی‌ها نیز احتمالا تازه است و به زودی پاکسازی می‌شود. او ادامه داد: سنگ قبری که داخل بنا قرار دارد نیز به موزه سنگ نگاره‌ها منتقل خواهد شد.