تولید این فیلم از آغاز تا انتها با چالش‌های زیادی همراه شد. در ابتدا شیوع پاندمی ویروس کرونا چالش‌هایی را برای فیلمبرداری این اثر ایجاد کرد و تولید آن تقریباً غیرممکن شد. حتی زمانی که تولید فیلم از سر گرفته شد، عصبانیت و فریاد زدن تام کروز بر سر عوامل فیلم به دلیل عدم رعایت فاصله اجتماعی و دستور العمل‌های بهداشتی حاشیه ساز شد.

کروز کمک زیادی به رعایت دستورالعمل‌ها در این پروژه کرده بود. پروژه‌ای که فیلمبرداری آن در چندین کشور از جمله نروژ، انگلیس و ایتالیا انجام شده است. زمانی که تولید این فیلم در ایتالیا در حال انجام بود، مبتلا شدن چند نفر به کرونا فیلمبرداری را چند روز عقب انداخت.

«مأموریت غیرممکن ۷» این اواخر نیز دوباره حاشیه ساز شده بود. یک مورد به سرقت رفتن اتومبیل تام کروز به همراه وسایلش بود و مورد دیگر هم شکایت سازندگان این فیلم از شرکت بیمه. تهیه کنندگان این فیلم معتقدند بیمه هزینه اندکی از آسیب‌های وارده از تعطیلی‌های کرونایی را پوشش داده است.