برخی از مصرشناسان معتقدند محل دفن او ممکن است در میان اجساد ناشناس کشف شده در دره پادشاهان (Valley of the Kings) باشد؛ جایی در کرانه باختری رود نیل که در دوران مصر باستان به عنوان گورستان فراعنه مورد استفاده قرار می‌گرفته است.با این حال به نظر می‌رسد خطوط باستانی رمزی که اخیرا داخل مقبره توت عنخ آمون کشف شده نشان دهنده این باشد که نفرتیتی در اتاقکی پنهان داخل مقبره پسران آمن هوتپ بزرگ آرمیده است. این نظریه با دانستن این واقعیت که ملکه نامادری توت عنخ آمون بوده، قوت بیشتری می‌گیرد.

بررسی دقیق کتیبه های آیی (Ay) که گمان می‌رود پدر نفرتیتی بوده است ردپای واضحی از توت عنخ آمون نشان می‌دهد. در نسخه اصلی این کتیبه، شاه توت در حال انجام مراسم تدفین برای صاحب اصلی مقبره، سلف بلافصل او، نفرتیتی، دیده می‌شود.نیکلاس ریوز، متصدی سابق دپارتمان آثار باستانی مصر موزه بریتانیا می‌گوید: «این نتیجه گیری در شکل چهره‌ها کاملا تایید می‌شود -بینی پهن و غبغب چاقِ نگاره که در حال حاضر به عنوان آیی برچسب گذاری شده، دقیقا همان طرحی است که برای بازنمایی رسمی صورت توت عنخ آمون در سال‌های ابتدایی سلطنتش به تصویب رسیده است.» او می‌گوید: «چهره مومیایی ویژگی‌های محرز و انکارناپذیری از نفرتیتی را با خود دارد.»

نفرتیتی ۱۵ ساله بود که با فرعون آمن هوتپ چهارم که ۱۶ سال داشت ازدواج کرد. این باور وجود دارد که او پس از مرگ همسرش به حکمرانی ادامه داد، با این حال مقدار زیادی از زندگی او ناشناخته باقی مانده است.مقبره شاه توت عنخ آمون نزدیک به ۱۰۰ سال پیش در نوامبر ۱۹۲۲ توسط هاوارد کارتر، باستان شناسان بریتانیایی پیدا شد. باز شدن مقبره به گمانه‌زنی‌هایی درباره نفرین فرعون انجامید؛ افسانه‌ای که با مرگ لرد کارناروون که از کار کارتر حمایت مالی کرده بود تقویت شد. او در سال ۱۹۲۳ پس از بریدن پوستش هنگام اصلاح بر اثر مسمویت خونی در هتلی در قاهره درگذشت.پس از این کشف، تیم کارتر آثار باستانی را جابه‌جا کردند و این مکان به یک جاذبه گردشگری بزرگ تبدیل شد.پادشاه توت عنخ آمون که از ۹ سالگی بر تخت سلطنت نشست در حدود سال ۱۳۲۲ قبل از میلاد در ۱۸ سالگی درگذشت.